V České republice vlastní ORLEN Unipetrol RPA s.r.o. dvě rafinerie v Litvínově a v Kralupech nad Vltavou. Obě rafinérie zpracovávají ropy z různých zdrojů – jsou napojené na ropovody Družba, jehož jižní větev končí v rafinerii v Litvínově, a ropovod TAL, který vede z italského Terstu do německého Vohburgu a následně ropovodem IKL do centrálního tankoviště ropy v Nelahozevsi u Kralup nad Vltavou. V rafinériích je také zpracovávána ropa z těžby lokálních těžařů ropy společnosti Moravské naftové doly a firmy Lama, která je dopravována odděleně ropovodem Družba případně vlakovými cisternami po železnici.
Obchodní jednotky ORLEN Unipetrol RPA s.r.o. předkládají každý měsíc své požadavky na objem a kvalitu produktů oddělení plánovaní výroby. Následně jsou jednotlivé požadavky rozděleny do kategorií podle objemu a kvality, aby bylo možné požadované produkty a objemy expedovat. Expedice z rafinérie probíhá opět na základě požadavků zákazníků, kteří dostávají produkty buď přepravou v železničních cisternách nebo v autocisternách na své čerpací stanice nebo do svých skladových zařízení. Expedice probíhá také produktovodním systémem státního podniku ČEPRO.
Rafinérie zpracovávají ropu při dodržení maximálních bezpečnostních a ekologických požadavků na kvalitu ropných produktů. Při současných cenách a dostupností energií je strategií rafinérií využití jejich kapacity na maximum. Zároveň je důležité poskytovat takové služby a kvalitu produktů, aby zákazníci při svém výběru přednostně využívali nákup přímo z rafinérií.